病毒可以借助幾種顯微鏡技術進行研究。根據顯微鏡的放大倍數和分辨率，可以在組織水平、細胞水平或病毒粒子水平進行觀察（圖1）。通常，病毒粒子本身只能通過電子顯微鏡或超分辨顯微鏡來分辨。在細胞水平上，病毒大多借助先進的寬場熒光或共焦顯微鏡進行觀察。在組織中，明場顯微鏡或基本的寬場熒光顯微鏡足以用于病毒研究。但是顯微技術的鑒別并不是嚴格的。

徠卡的THUNDER實時成像（WO2019 /185174 A1）可以幫助提高背景信噪比，減少離焦模糊。相關的對比度增強可以揭示顯微圖像中的附加信息。

在測序技術、生物信息學和電子顯微鏡中，Ogando等人通過熒光顯微鏡分析了感染細胞：VeroE6細胞生長在玻璃蓋玻片上，感染SARS-CoV-2，并用多聚甲醛固定。然后，用事先暴露于SARS-CoV的兔子或小鼠的抗血清孵育細胞（圖2）。用熒光標示的二級抗體檢測與VeroE6細胞SARS-CoV-2結構結合的SARS-CoV源性抗體。此外，細胞核用Hoechst染色。用DM6 B正置熒光顯微鏡進行熒光成像。 

免疫熒光顯微鏡顯示，許多SARS-CoV抗血清在SARS-CoV-2感染細胞（病毒蛋白nsp3、nsp4、nsp5、nsp8、nsp9、nsp13、nsp15、N、M）中具有交叉反應性。這一事實意味著，針對SARS-CoV產生的抗血清也導致SARS-CoV-2感染細胞的特征性熒光染色（圖3）。nsps出現在感染細胞的核周區(qū)，而N蛋白則分布在胞漿中。在高爾基體中檢測到M蛋白。

Ogando等人的研究中描述的交叉反應抗血清將是特征性SARS-CoV-2復制周期的實用工具。這個工具反過來能使研究人員能夠確定復制抑制劑的潛在目標。

一個相對簡單的實驗裝置-免疫熒光顯微鏡-足以得出病毒復制周期的結論。因為在這種方法中細胞生長在蓋玻片上，并安裝在玻片上，所以正置熒光顯微鏡是一種實用的解決方案。配備有電動載物臺和采用寬視野（FOV）的自動化掃片模塊幫助用戶快速獲取全玻片的圖像概覽。如果單視野快拍就能滿足需求，則機械式載物臺是更合理的選擇。

圖為THUNDER DM6B實時自動掃描的小鼠視網膜組織。

（左側為普通DM6B的寬場熒光成像，右側為THUNDER DM6B的熒光成像）